现代社会人们对饮食的重视程度越高，对普通食品和饮料的质量以及对新鲜食品的消费的重视程度就越高。同时，另一个巨大的变化是尽量避免使用添加剂和防腐剂。经过某些处理改变了正常微生物补充剂的食品尤其容易受到环境微生物侵蚀。例如，酸奶、奶酪等乳制品、果汁、调味奶及主菜。蘑菇生长有时在洁净室进行，以防止条件致病孢子的过度生长。

果汁
无菌产品占据了单一包装（250毫升）果汁和饮料市场。市场正在扩展到其他产品线，包括牛奶饮料、葡萄酒、水、番茄产品和一升包装。

奶制品
无菌加工通常用于瑞士酸奶、无菌牛奶或奶酪以及瑞典香肠包装。
一些大型设施需要超过100000级（ISO 8和9）。在美国，杰罗姆奶酪公司在爱达荷州杰罗姆建立了一家价值3600万美元、140000平方英尺的奶酪和乳清工厂。该工厂有四个主要的加热和通风系统，每分钟可输送13万立方英尺的空气，过滤效率为95%，每小时通风15至20次。车间采用正压送风。

无菌灌装啤酒、果汁和苏打水，添加了ISO 5级（100）和ISO 6级（1000）洁净室。
在传统系统中，采用隧道式巴氏杀菌法对产品进行各种高温处理，改变了产品的物理性能。相比之下，对无菌灌装的低温热处理可以在多个方面提高产品的质量。
在啤酒中，香味和新鲜度等感官特性可以得到改善。它还可以提高大多数产品的稳定性，延长贮存期。在果汁中使用时，避免了像管道巴氏杀菌法那样长时间高温处理，不会造成营养损失。结果表明，其香气、口感、色泽等感官性状得到改善。

肉类加工
美国联邦农业部的一项研究表明，美国近5%的即食肉制品感染了李斯特菌，这是一种致命的食物传播疾病，可导致败血症、脑膜炎或脑膜脑炎，这是一种影响大脑和脊髓组织的疾病。对孕妇来说，李斯特菌可导致胚胎死亡和死胎。肉食市场的扩大是提高洁净室技术需求的一个因素。瑞典是这一领域的先驱。

面包店
面包店现在正逐渐采用无尘室技术。日本有很多这样的例子。无尘车间净化车间工厂生产各种面包、糖果、大豆豆腐、面条和几种日本传统食品。
糖果行业采用生物洁净室技术。新的、更复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境（温度、湿度、细菌水平等）和生产过程自动化的需求，以确保良好的质量和耐用性。